Il baldacchino è una grande macchina polimaterica (legno di pioppo e tela) che sovrasta l’altare maggiore conferendogli un aspetto monumentale e creando, al culmine della navata centrale, un particolare effetto scenografico. Il complesso rappresenta in assoluto la massima espressione del gusto barocco e si ispira, in particolare nella ripresa del motivo dei finti nappi pendenti, al celebre modello del baldacchino di Bernini in San Pietro a Roma, replicato in Umbria anche nella cattedrale di San Giovenale di Narni e nella cattedrale di San Feliciano a Foligno. A differenza di questi esempi, il baldacchino di Perugia non è sostenuto da colonne ma è sospeso, a una considerevole altezza, grazie a dei tiranti in ferro. All’interno si può ammirare un dipinto raffigurante San Pietro che riceve le chiavi da Cristo al cospetto dell’Eterno e dello Spirito Santo; è attribuito al pittore perugino Benedetto Bandiera.